کلیساها به عنوان بخشی مهم از تاریخ منطقه آذربایجان، همواره حضوری ارزشمند در زندگی مردم منطقه و پیروان عیسی مسیح داشته‌اند و استان‌های آذربایجان‌شرقی و آذربایجان‌غربی با توجه به موقعیت خاص مکانی و اهمیت تاریخی شان، میزبان نمونه‌های منحصر به فردی از مهم‌ ترین کلیساهای جهان هستندبا توجه به همین اهمیت، تعدادی از تاریخی‌ترین و زیباترین این کلیساها، در فهرست میراث جهانی سازمان یونسکو به ثبت رسیده‌اند کلیسای سنت استپانوس جلفا. کلیسای چوپان جلفا. کلیسای مریم مقدس. قره کلیسا. کلیسای زور زور

یکی از کلیساهای زیبا و مهم استان، کلیسای سنت استپانوس است که پس از ثبت مجموعه کلیساهای استان در فهرست میراث یونسکو، رنگ و بویی جهانی به خود گرفت کلیسای سنت استپانوس در 16 کیلومتری غرب جلفا و به فاصله سه کیلومتری کرانه جنوبی ارس و در روستای متروکه‌ای به نام دره شام قرار و به علت استقرار آن در دره شام به این نام نیز خوانده می‌شود

سنت استپانوس برگرفته شده ازنام استپانوس ( یاهمان استفان درزبان ارمنی) شهیداول راه مسیحیت است ودراغلب کشورهای جهان کلیساهای متعددی باهمین نام وجوددارد. همچنین به دلیل متروکه بودن محل،به خارابا کلیسا نیزشهرت دارد.سنت استپانوس یا سنت استفان اولین شهید راه مسیحیت است که در ۲۶دسامبر سال۳۶ میلادی در اورشلیم توسط یهودیان سنگسارشد.درباره تاریخ بنای کلیسا،اظهارات گوناگونی ابرازشده‌ است. عده‌ای آن را ازبناهای اوائل مسیحیت ، می‌دانند برخی چون تاورنیه بنای آنرابه دوره صفویه نسبت می‌دهند. درحالی که شیوه معماری بنا،مصالح ساختمانی وتزئینات مفصل و زیبای آن نشان دهنده این مطلب است که کلیساهمانند و همزمان با کلیساهائی چون طاطائوس در بین قرن چهارم تاششم هجری (دهم تادوازدهم میلادی) ساخته شده‌ است و سبک معماری آن تلفیقی ازشیوه‌های مختلف معماری اورارت و،اشکانی ورومی است که بعدازبه وجود آمدن بناهای شگرف سنت اچمیادیزین ،طاطائوس و آختامار و سنت استپانوس به شیوه معماری ارمنی شهرت یافت.

این کلیسا درمحوطه ‌ای محصورازدرختان و در ه سرسبزی واقع شده وحصار سنگی که بنا را احاطه نموده بارویی است بلند باهفت برج نگهبانی وپنج پشت استوانه‌ ای سنگی مانند دژهای مستحکم دوره ساسانی وقرون اولیه اسلام. دروازه این بارو در وسط دیوارغربی تعبیه شده و دارای دری چوبی و آهن کوبی شده‌ است. درپایه‌های طرفین و طاق جناغی آن سنگ تراش باحجاری‌های ظریف به‌کار رفته ونقش برجسته ‌ای از مریم وکودکی عیسی در پیشانی طاق نمایآن به‌چشم می‌خورد. بر روی دیوار‌های خارجی کلیسا،نقش برجسته‌ه ای زیبایی قرار دارد که از جمله آنهامیتوان سنگسارشدن استپانوس مقدس در ضلع شرقی،مصلوب شدن حضرت مسیح در ضلع غربی وعروج حضرت مسیح رانامبرد این کلیسا دارای سه ساختمان اصلی و مشخص و همچنین قسمتهای فرعی مختلفی است. سه قسمت اصلی عبارتندار: نمازخانه اصلی،اجاق دانیال، برج ناقوس

نماز خانه اصلی :

نمازخانه در زمینی به ابعاد۱۶در۲۱متر بناشده‌است. در ورودی منبت‌کاری باتزئینات بسیارزیبای آن در وسط ضلع غربی تعبیه شده وازآثار نفیس اوایل دوره قاجاریه واحتمالا َزمان عباس میرزا السلطنه فرزند فتحعلی‌شاه به‌شماره می‌آید. حجاری پایه‌ها وطاق‌ نماها و نیم‌ستون‌ها وزنجیره‌های جوانب و مقرنس‌کاری‌ها وتزئینات طاق سردر به قدری بدیع است که بی شک از شاهکارهای هنرحجاری محسوب می‌شود.نمای داخلی نقش برجسته‌هایی ازحواریون و قدیسین وفرشتگان برپیشانی طاق‌نماهای اضلاع شانزده گانه پهن گنبد مرکزی است  که در حقیقت پای طاق گنبد بلند و زیبای نمازخانه کلیسا محسوب می‌شود پوشش این گنبد به صورت هرمی با سبک خیاری سی و دوپهلوئی است که بر روی یک پلان ستاره شکل شانزده‌ پر قرار دارد. داخل طاق‌نماهای گری وگنبدی کدر میان پنجره‌ای تعبیه شده که طاق هلالی تودرتوئی دارد وبالاتر ازپنجره،تصویربرجسته یکی از حواریون در داخل قابی چهارگوش نمای بیرونی آن را زینت می‌دهد. کتیبه‌ای ازسنگ ماسه‌ای سرخرنگ به‌خط نستعلیق بربالای در ورودی و زیر طاق مدخل کلیسابه ‌چشم می‌خورد که مورخ به سال۱۲۴۵هجری قمری مبنی بر خرید قریه دره شام جلفا توسط عباس میرزا ناب السلطنه فرزندفتحعلی شاه ازمجب علی بیگ نخجوانی به مبلغ سیصدتومان و وقف آن به کلیسای سنت استپانوس است.فضای داخل کلیسا به صورت صلیب (با سلیکا) می‌باشدکه از سه قسمت ایوان و نمازخانه و محراب تشکیل شده‌است. ایوان بر روی دوستون ودونیم‌ستون قرار گرفته در پشت آن وزیرگنبد اصلی نمازخانه کلیساواقع شده‌است. گوشه‌های مقرنس پا طاق گنبد دارای تصاویری رنگی است که شیوه نقاش‌های مذهبی قرن۱۶و۱۷میلادی رابه یادمی‌آورد. محراب در جانب شرقی نمازخانه قرارگرفته که۹۶سانتیمترازکف نماز گاه بلندتراست. ازاره محراب ازسنگ مرمر است وبالای این ازاره‌ها راهفت طاق نمای جناعی دو طبقه زینت می‌دهد. ازجمله تزئینات شگرف درون معبد سه نمازگاه سنگی انفرادی باحجاری‌های زیباست یکی ازاین نمازگاه‌هارادروسط محراب قرارداده‌اند ودوتای دیگردرطرفین شمالی و جنوبی ونمازخانه بزرگ و درمحاذات همدیگرقرارگرفته‌اند. این نمازگاه‌ها ازآثاردوره قاجاربه حساب می‌آیند.

برج ناقوس :

نمایی ازکلیسای سن استپانوس برروی ایوان دوطبقه‌ ای متصل به دیوار جنوبی کلیساقرارگرفته و دارای گنبدی هرمی شکل هشت ضلعی است که برروی هشت ستون استوانه‌ای ازسنگ سرخ باسرستونهای زیبااستوارگردیده‌ است این برج درزمان عباس میرزانایب السلطنه مرمت شده‌ است پیشانی طاق‌های بین این ستون‌ها که پاطاق گنبد برج محسوب می‌شوند، بانقوش برجسته فرشته،صلیب،ترنج،ستاره و گل هشت پر زینت یافته ودرسطح ایوان برج،قبوری از بزرگان آیین دین مسیح به چشم می‌خوردودردیوارضلع شمالی این برج که بخشی ازدیوارجنوبی کلیسا نیز بشمار می‌آید ،تصاویربرجسته‌ای ازمریم مقدس وعیسای مسیح مشاهده می‌شود. درصحن این برج، تعدادی قبر به‌چشم می‌خوردکه گفته می‌شودمتعلق به افرادسرشناس وبزرگ مسیحی است. همچنین گویا ناقوس برج توسط ایتالیایی‌هابرای مرمت برده شده امابرگشت داده نشده‌است.

اجاق دانیال:

تالاری است متصل به دیوارشمالی کلیساکه۶مترعرض ونزدیک به۲۰مترطول دارد وبه سه قسمت مساوی تقسیم می‌شود.اجاق دانیال که به وسیله دیوارازتالارجداشده وبه نام دانیال ازقدیسین قرن پنجم میلادی معروف است تالار اجتماعات دروسط قرارگرفته‌است.محل غسل تعمیددرانتهای شرقی تالار واقع است که درآن سکوی بلندی به چشم می‌خوردکه میز سنگی غسل تعمیددروسط آن نهاده شده‌ است. مدرسه مذهبی یا دیری درکنارکلیسا وجودداردکه قدمت آن رابه بیش از۹۰۰سال پیش نسبت می‌دهند. که در چهارطرف آن اتاقهایی وجود داشته که طبقه فوقانی آن جهت استراحت مسافرین و زائرین و طبقه زیرین محل اصطبل چهارپایان آنان بوده‌است. این دیر فعلاًدردست تعمیر است.درباره تاریخ بنای این کلیساکه یکی ازشاهکارهای معماری است. مطالب مختلفی نوشته شده‌است. برخی بدون توجه به وقایع تاریخی وتاریخ تطور شیوه‌های معماری بنای آنرا تانخستین سده‌های مسیحیت پیش برده‌اند درحالی که شیوه بناومصالح ساختمانی وتزئینات هنری نشان می‌دهندکه بنای این کلیساهمزمان باکلیساهای آختارمار و طاطائوس احداث شده‌است.صدهاسنگ نبشته به زبان ارمنی در داخل وخارج بنا نصب شده‌است که اگر این سنگ نبشته‌هابه زبان فارسی ترجمه گردد بانی و معمارو تاریخ بنای کلیساحتی قسمتهایی ازتاریخ اقوامی که دراین سرزمین می‌زیسته‌اند. روشن خواهدشد.این بنای تاریخی به شماره۴۲۹درفهرست آثارملی ایران ثبت گردیده وبه خاطرقدمت وسابقه تاریخی ومذهبی وشیوه معماری منحصربه فردآن درسال۱۳۸۶همراه با کلیسا های دیگردراستان آذربایجان،درمیراث جهانی یونسکو به ثبت رسید.سازمان میراث فرهنگی وگردشگری کشور مجموعه سه کلیسای سنتاستپانوس،زورزور وقره کلیسا رابه عنوان یک پرونده برای ثبت در فهرست میراث جهانی به یونسکوارائه داد. درسال۲۰۰۶میلادی سه کلیسابرای ثبت در یونسکو پیشنهادگردیدکه این کلیسایکی ازآنهاست. مراحل تشکیل پرونده این بنای تاریخی درحال انجام است وروندبازسازی ومرمـّت کلیسابه این منظورانجام شد. همچنین تعمیرات اساسی وگسترده‌ای باحفظ سبک شیوه معماری گذشته آن،باهمّت سازمان میراث فرهنگی کشوروباهمکاری شورای خلیفه‌گری ارامنه صورت گرفته‌است درسال۱۳۸۴کارشناسان سازمان میراث فرهنگی طی مرمت بنا،بقایای استخوان حواریون وقدیسین مسیح راکشف کردندکه طبق روایات تاریخی دراین کلیسانگهداری می‌شده‌است. آن‌هابقایای استخوان‌ها را در میان دوطاق کلیساشناسایی کردند. علاوه بربقایای استخوانی چندتکه تخته مربوط به جعبه‌های نگهداری این استخوان‌ها،چندتکه پارچه زرد وآجری،تکه‌ه ای موم، گِل اخرا و دانه‌های کُندر نیز در این  محوطه شناسایی شده‌است اسقف اعظم وخلیفه ارامنه تهران وشمال ایران باارزشمند خواندن بقایای استخوانی یافت شده دراین کلیسا ازاحتمال تعلق این بقایابه جسدحضرت یحیی خبرداد